ПО для менеджмента данных о биоразнообразии

На протяжении более двух десятков лет развития информатики биоразнообразия было создано немало продуктов для менеджмента баз данных биологических коллекций, которые постоянно эволюционировали вслед за развитием ИБ и информационных технологий. Современного сравнительного обзора не существует (некоторая информация доступна по ссылке), однако в 2003 г. специалисты GBIF предпринимали такое исследование (Berendsohn et al., 2003). В этой работе авторы провели анализ около 20 программных продуктов, опираясь на следующие основные параметры сравнения: условия распространения (стоимость ПО, открытый или закрытый исходный код), ограничение в объемах хранения данных и возможность масштабирования, поддерживаемые операционные системы, специализация для определенной таксономической группы и пр. Всего было проанализировано около 20 систем, представленных в то время на международном уровне. Кроме того, авторы обращают внимание на ряд важных параметров, не вошедших в анализ, но которые необходимо учитывать:

  • Есть ли в системе раздел, связанный с указанием номенклатурных типов (их авторство, верификация и пр.)
  • Есть ли в системе возможность работы с фотографиями (возможность привязки фотографий к образцам, локалитетам, таксономическим названиям; возможность описания метаданных фотографии)
  • Есть ли в системе возможность гибкой настройки прав (доступ к разным типам операций, таблицам, ограничение доступа к определенной категории информации и пр.)
  • Менеджмент коллекции: есть ли возможность отслеживания актов займа, обмена, и других кураторских операций
  • Сохраняется ли в системе история предыдущих определений, цитируются ли дубликаты в других институтах с их определениями
  • Множественные отношения: предусмотрены ли отношения типа несколько образцов – одна единица хранения, несколько единиц – один образец; отношения хозяин-паразит; образец ткани из определенного образца и пр.
  • Есть ли перевод системы на язык пользователя.

Ссылки на программные продукты с которыми мы были знакомы на практике, или которые используются коллекциями Югры в настоящее время

project_logo_2inch_150.png

Specify 6, 7 — используется для менеджмента Биологической коллекции ЮГУ.

См. также страницу о Российском сообществе Specify


plutof-logo-green-large.png

Data management and Publishing Platform — краткое знакомство с продуктом в учебных целях во время курса «Identifying and publishing HTS/Sanger DNA sequence datasets» (Филиппова Н.)


copy-symbiotalogo_new.jpg

На платформе Symbiota работает большинство Американских коллекций грибов, объединенных на портале Mycoportal. База данных Фунгария ЮГУ была загружена на микопортал в 2018 году. См. аккаунт Yugra State University Fungarium (YSU-F).

Реклама
%d такие блоггеры, как:
search previous next tag category expand menu location phone mail time cart zoom edit close