ПО для менеджмента данных биологических коллекций

На протяжении более двух десятков лет развития информатики биоразнообразия было создано немало продуктов для менеджмента баз данных биологических коллекций, которые постоянно эволюционировали вслед за развитием ИБ и информационных технологий. Современного сравнительного обзора не существует (некоторая информация доступна по ссылке), однако в 2003 г. специалисты GBIF предпринимали такое исследование (Berendsohn et al., 2003). В этой работе авторы провели анализ около 20 программных продуктов, опираясь на следующие основные параметры сравнения: условия распространения (стоимость ПО, открытый или закрытый исходный код), ограничение в объемах хранения данных и возможность масштабирования, поддерживаемые операционные системы, специализация для определенной таксономической группы и пр. Всего было проанализировано около 20 систем, представленных в то время на международном уровне. Кроме того, авторы обращают внимание на ряд важных параметров, не вошедших в анализ, но которые необходимо учитывать:

  • Есть ли в системе раздел, связанный с указанием номенклатурных типов (их авторство, верификация и пр.)
  • Есть ли в системе возможность работы с фотографиями (возможность привязки фотографий к образцам, локалитетам, таксономическим названиям; возможность описания метаданных фотографии)
  • Есть ли в системе возможность гибкой настройки прав (доступ к разным типам операций, таблицам, ограничение доступа к определенной категории информации и пр.)
  • Менеджмент коллекции: есть ли возможность отслеживания актов займа, обмена, и других кураторских операций
  • Сохраняется ли в системе история предыдущих определений, цитируются ли дубликаты в других институтах с их определениями
  • Множественные отношения: предусмотрены ли отношения типа несколько образцов – одна единица хранения, несколько единиц – один образец; отношения хозяин-паразит; образец ткани из определенного образца и пр.
  • Есть ли перевод системы на язык пользователя.

Ссылки на программные продукты с которыми мы были знакомы на практике, или которые используются коллекциями Югры в настоящее время

project_logo_2inch_150.png

Specify 6, 7 — используется для менеджмента Биологической коллекции ЮГУ.

См. также страницу о Российском сообществе Specify


plutof-logo-green-large.png

Data management and Publishing Platform — краткое знакомство с продуктом в учебных целях во время курса «Identifying and publishing HTS/Sanger DNA sequence datasets» (Филиппова Н.)


copy-symbiotalogo_new.jpg

На платформе Symbiota работает большинство Американских коллекций грибов, объединенных на портале Mycoportal. База данных Фунгария ЮГУ была загружена на микопортал в 2018 году. См. аккаунт Yugra State University Fungarium (YSU-F).

%d такие блоггеры, как:
search previous next tag category expand menu location phone mail time cart zoom edit close