Рассылка 2018_1 Новогоднее и подведение итогов

Здравствуйте, дорогие коллеги.

 Мы хотим подвести небольшие итоги работы регионального сообщества GBIF (Глобальная информационная система по биоразнообразию) за 2018 год и в целом инициатив по оцифровке и мобилизации данных в Югре. На основе этих мероприятий мы будем продолжать работу в следующем году и надеемся, что совместными усилиями подойдем к основному результату – организации регионального портала о биоразнообразии Югры.

Целью GBIF является оцифровка и мобилизация данных о биоразнообразии, ранее хранившихся в разрозненных источниках, и их интеграция в единые форматы (Darwin Core) и единые информационные порталы. На глобальном уровне таким порталом является GBIF.org, однако оптимальным является создание и узлов национального уровня (в России такой пока отсутствует), и региональных для решения специфических вопросов на каждом уровне. Несмотря на то, что программы оцифровки и мобилизации данных могут иметь локальное значение, как создание регионального портала, они должны развиваться по общепринятым стандартам (как формат Darwin Core) чтобы обеспечить совместимость с глобальными программами.

В целом в России участниками сети GBIF сегодня являются 49 организаций, из которых более 2/3 зарегистрировались в 2018 году, таким образом национальная сеть постепенно набирает обороты. В 2018 году опубликовано 28 новых наборов данных, в результате их общее число составило 62 (1 644 525 записей о находках видов). Из них в Югре зарегистрировано 4 организации (ЮГУ, Малая Сосьва, Юганский и ПП Кондинские озера), опубликовано 5 наборов данных, и 24 518 записей о находках видов.

Вот таким образом выглядят два аккаунта с уже опубликованными наборами данных в GBIF:

• Малая Сосьва: https://www.gbif.org/publisher/d98bfe81-86d1-4051-8ded-996792511c30

• Биологическая коллекция ЮГУ: https://www.gbif.org/publisher/fa46e267-4d25-41f5-bbbe-1cd75860b943

В Югре программы по оцифровке данных о биоразнообразии начали развиваться несколько лет назад, основные вехи:

• По инициативе Департамента Природных Ресурсов была создана информационная система по учетам краснокнижных видов UGRABIO, выполнена оцифровка карточек краснокнижных видов и других источников, проведены обучающие семинары для сотрудников ООПТ о работе с системой

• Оцифрована и выложена онлайн часть гербария Юганского заповедника (http://www.ugansky.ru/activities/scientific/encyclopedya/)

• Всеми ООПТ ведется оцифровка (перевод в pdf) Летописи природы

• Всеми ООПТ ведется оцифровка (перевод в pdf) опубликованных научных работ и различных отчетов о работе по изучению биоразнообразия на территории ООПТ

• ПП КОЗ принимал участие в регулярных семинарах по оцифровке Летописи Природы, последний в Национальном парке «Кенозерский» (http://chronicleofnature.com/news/)

• В ЮГУ создана онлай-база данных биологической коллекции, оцифрованы литературные данные о находках видов грибов в Югре и создана соответствующая база данных, коллекция зарегистрирована в GBIF в 2017 году и к наст. времени опубликовано 4 набора данных, в последние годы мы принимали активное участие в конференциях и семинарах, организованных GBIF

• В ходе последних региональных конференций (Посвященная юбилею ПП КОЗ и Югорская музейна Биеннале) в резолюции были внесены параграфы о необходимости мероприятий по оцифровке и мобилизации данных региональными коллекциями.

• И другие,,,

Все это отдельные элементы программы оцифровки и мобилизации данных для их использования в современном цифровом мире, уже существующие на нашей территории Югры.

Программы оцифровки данных могут инициироваться как на уровне отдельных организаций (особенно больших коллекций), так на уровне регионов для создания региональных порталов, и на национальном уровне. Поскольку крупные исторические биологические коллекции на территории Югры отсутствуют, мне кажется важным создать наше региональное сообщество, интегрирующее наши активности в этой области и в конечном итоге иметь единый региональный портал для интеграции данных. ЮГУ активно работает в этом направлении в течение последних лет и мы можем продолжать неформальное руководство в этой области, и конечно будем рады новым активным участникам и активистам сообщества.

Обсуждая цели и задачи на 2019 год, мы сформировали программу, которой хотим поделиться с вами:

• 14-16 января – поездка в Копенгаген (Филиппова Н.) на семинар GBIF «Identifying and publishing HTS/Sanger DNA sequence datasets» https://sisu.ut.ee/publish-sequence-datasets/avaleht. После семинара будет небольшая презентация в офисе GBIF о состоянии дел с оцифровкой и мобилизацией данных в Югре.

• Январь – Март – наполнение портала о биоразнообразии Югры https://nwsbio.wordpress.com/, который будет пока включать только метаданные об источниках информации и полезные ссылки на тему оцифровки и мобилизации данных . Вся информация с этого сайта-прототипа затем будет использована для создания самого портала, который в основе должен будет включать базу данных о биоразнообразии Югры и ГИС-систему.

• Январь – подача заявки на конкурс р_а РФФИ-ЯНАО на тему «Информационный портал по биоразнообразию севера Западной Сибири». Финансирование для этой работы в основном нужно для оплаты работы программистов, организации стажировок, организации обучающих семинаров и закупки оборудования для оцифровки (компьютерная техника и сканеры). Если у вас есть идеи, на какой конкурс можно еще подать такую заявку или о других способах финансирования подобных проектов, будем благодарны за информацию.

• Июнь – полевая школа по использованию информационных технологий в изучении биоразнообразия на территории Музейно-этнографического и экологического парка «Югра» (г. Мегион). Недавно с инициативой такой школы выступил сам парк «Югра», программа в процессе утверждения. Это наша первая попытка организовать подобный семинар в Югре, хорошо если такие семинары будут проводиться регулярно раз в 2-3 месяца на базе различных организаций, до тех пор пока есть потребность в освоении технологий. Практика показывает, что важно один раз показать все на месте, чтобы пользователи могли на своих примерах пройти процедуры регистрации и/или подготовки и публикации данных. Если у вас есть предложения по поводу других площадок для организации подобных семинаров, пожалуйста поделитесь!

• Сентябрь – по инициативе Приокско-Террасного заповедника будет организован общероссийский обучающий курс для сотрудников ООПТ, посвященный методам оцифровки материалов Летописей природы.

• Весь год – подача заявок на другие гранты для финансирования проекта Портала.

• Весь год – регистрация в GBIF организаций ХМАО и ЯНАО, обладающих биологическими коллекциями или другими данными о биоразнообразии (это в основном ВУЗЫ, музеи, ООПТ). Мы сначала приглашаем организации зарегистрироваться, высылаем полезные ссылки. Затем при необходимости помогаем собственно с процессом регистрации.

• Весь год – публикация первых наборов данных в аккаунтах уже зарегистрированных организаций. Здесь также сначала высылаются инструкции, затем при необходимости оказывается конкретная поддержка по подготовке и публикации наборов данных.

Следом за этим письмом будут высланы инструкции для регистрации организаций в GBIF и публикации первых наборов данных. Теоретически этой информации должно хватить, чтобы начать делать публикации в GBIF. Однако всегда лучше, если есть практические консультации с конкретными примерами. Это мы обещаем делать по мере возможности в индивидуальном порядке. Все инструкции также будут постепенно выложены на сайте https://nwsbio.wordpress.com.

P.s. Эта рассылка включает коллег, с которыми мы общались в недавнем времени по поводу регистрации в GBIF, публикации наборов данных, и по общим вопросам оцифровки данных, на конференциях или в переписке. Пожалуйста, если у вас есть коллеги, кому эта тема будет актуальна, отправьте мне их контакты для включения в рассылку. Это прежде всего научные сотрудники ООПТ, музеев и университетов, исследователи работавшие на территории Югры из других регионов на временной основе, заинтересованные сотрудники департаментов.

Удачи и успехов в оцифровке данных в Новом 2019 году!

Нина Филиппова, Илья Филиппов, Елена Лапшина.